Unit Pendaftar merupakan tunjang utama pentadbiran Akademi Pilihan Raya (APR) yang bertanggungjawab dalam Pengurusan Sumber Manusia, Pengurusan Kewangan, Pengurusan Pusat Sumber dan Arkib Pilihan Raya serta memberikan Perkhidmatan Pengurusan Kepada APR. Unit Pendaftar juga berperanan dalam memastikan pentadbiran dan pengurusan akademi dilaksanakan dengan cekap dan berkesan seiring dengan Misi dan Visi APR. Terdapat empat (4) seksyen di bawahnya mengikut fungsi dan tanggungjawab untuk meningkatkan kualiti perkhidmatan dan sistem penyampaian maklumat kepada Warga & Pihak Berkepentingan APR iaitu:
- Seksyen Pengurusan Sumber Manusia;
- Seksyen Pengurusan Kewangan;
- Seksyen Pentadbiran Pengurusan; dan
- Seksyen Pusat Sumber dan Arkib Pilihan Raya.